W lipcu 2019 r. firma Bahlsen zleciła prof. Dr. Manfredowi Griegerowi niezależne zbadanie tego, jaką rolę odegrała firma w czasach nazistowskiej dyktatury. Są już pierwsze wyniki tych badań. Gdy tylko zakończy się praca zespołu badawczego powiększonego o prof. Dr. Hartmuta Berghoffa i Dr. Karin Hartewig, Bahlsen poda do wiadomości publicznej wyniki badań sięgające czasów I Wojny Światowej oraz wydarzeń następujących po nich aż do lat 70-tych.
"Zlecenie przez Bahlsen naukowego przebadania nie tylko wydarzeń z czasów nazistowskiej dyktatury, lecz również okresu sięgającego I Wojny Światowej i po nim następujacego, jest godne uznania. Badania te stanowią szansę uchwycenia krytycznego, zróżnicowanego obrazu Niemiec czasów dwudziestolecia międzywojennego, III Rzeszy oraz wykształcenia się społeczeństwa konsumpcyjnego zarówno z perspektywy historii firmy, jak i rodziny."
prof. Dr. Manfred Grieger
W czasach dyktatury nazistowskiej Bahlsen było średniej wielkości firmą branży spożywczej, która nie dzierżyła palmy pierwszeństwa ani pod względem ekonomicznym ani politycznym, aczkolwiek wykorzystywała możliwości tego okresu. Wszyscy bracia Bahlsen byli członkami partii nazistowskiej, choć nie byli jej czołowymi reprezentantami - natomiast posiadali kontakty wśród jej funkcjonariuszy.
Dostosowując swoją politykę produktową i marketingową firma Bahlsen skorzystała na ożywieniu gospodarczym, które rozpoczęło się w fazie tworzenia reżimu narodowosocjalistycznego. Trwało to również podczas wojny, kiedy to znaczącym odbiorcą produktów stał się Wehrmacht. Celem zastąpienia powołanych na front niemieckich pracowników system gospodarki wojennej umożliwiał zaciągnięcie do pracy masy robotników przymusowych, a firma skorzystała z tej możliwości. Od maja 1940 r. do końca wojny do pracy w hanowerskiej fabryce przyjechało ponad 700 pracowników przymusowych z różnych krajów, głównie kobiety z Polski oraz Ukrainy. Ci ludzie musieli mieszkać w obozach należących do firmy i byli poddawani dyskryminacji według hierarchii rasowej. Pracownicy przymusowi pracowali także w zakładzie Bahlsen znajdującym się w mieście Gera, który powstał w czerwcu 1943 r.
Po zajęciu Ukrainy przez Niemców, 1 marca 1942 r. Bahlsen przejął zarządzanie nad dużą fabryką ciastek w Kijowie. Wprowadzono obowiązek pracy, w listopadzie 1942 r. oprócz dziesięciu pracowników Bahlsen z Niemiec pracowało tam ponad 2150 kobiet i mężczyzn. Zakład działał do września 1943 r., a więc do momentu odzyskania miasta przez Armię Czerwoną, zarabiając na dostawach dla Wehrmachtu ok. 11 mln ówczesnych marek.
Brak surowców w roku 1943 r. zakończył okres trwającego dotąd wzrostu firmy, choć wraz z produkcją racji żywnościowych dla "poszkodowanych w bombardowaniach" otworzyły się nowe możliwości. Po zakończeniu dyktatury nazistowskiej firma szybko otrzymała pozwolenie na produkcję, odzyskując swoją nieodzowną rolę i znaczenie w branży spożywczej. Bahlsen wykorzystał warunki panujące na rynku po reformie walutowej w 1948 r. oraz sytuację powstałą wskutek ukształtowania się społeczeństwa konsumpcyjnego, osiągając znaczny wzrost. Po przeprowadzeniu denazyfikacji wśród udziałowców i wraz z powrotem Wernera Bahlsena do polityki w 1957 r. firma zyskała szerokie wpływy natury politycznej i gospodarczej.